Réseau Ferré de France, maître d'ouvrage, est responsable de la conduite de l'ensemble du projet. Sous sa responsabilité, les maîtres d’œuvre sont chargés du pilotage des entreprises qui réalisent les travaux de construction de la ligne.

Ces travaux consistent essentiellement en :

• des terrassements (déblais et remblais) et l'assainissement des plates-formes,
• des ouvrages d'art (viaducs, ponts, tranchées couvertes et non couvertes),
• le rétablissement des voies de communication (passage des hommes et des animaux).

• le tronçon A : linéaire de 60 km entre Villers-les-Pots (Côte d'Or) et  Chevroz (Doubs),
• le tronçon B : linéaire de 55 km entre Voray-sur-l'Ognon (Haute-Saône) et Saulnot-Corcelles (Haute-Saône),
• le tronçon C : linéaire de 30 km entre Villers-sur-Saulnot (Haute-Saône) et Petit-Croix (Territoire de Belfort).

Quelques chiffres sur le premier chantier de génie civil en France :

• Un tracé de 140 km, dont 40 % en forêt
• 85 communes concernées
• 160 ponts
• 12 viaducs
• 1 tunnel de 2 km de long
• 400 km de clôtures
• 500 000 traverses
• 2 gares nouvelles
• 30 millions de m3 de déblais (4 fois le volume extrait du tunnel sous la Manche)
• 22 millions de m3 de remblais (9 fois le volume de la pyramide de Khéops)